Jedes Infrastrukturprojekt der Deutschen Bahn durchläuft einen vorgeschriebenen Planungs- und Genehmigungsprozess. Grundlage für die Planung bilden der Bundesverkehrswegeplan (BVWP) sowie der Bedarfsplan zum Bundesschienenwege-Ausbaugesetz (BSchwAG). Die Pläne ermitteln den Bedarf an neuen Strecken und Verbindungen und tragen damit der künftigen Verkehrsentwicklung und dem zu erwartenden Verkehrsaufkommen Rechnung.
Für die Schienenanbindung der Festen Fehmarnbeltquerung gilt darüber hinaus die Beauftragung des Bundes auf Grundlage des Staatsvertrages zwischen der Bundesrepublik Deutschland und dem Königreich Dänemark aus dem Jahr 2008.
Auf dieser Basis erstellt die DB InfraGO AG mit Unterstützung zahlreicher Gutachter:innen die Unterlagen für den Antrag auf Planfeststellung oder einfacher formuliert: für die Baugenehmigung der einzelnen Streckenabschnitte.