Der Abschnitt 2 ist ca. 12 Kilometer lang und beginnt nördlich von Haffkrug. Größtenteils wird in diesem Abschnitt eine neue Trasse entlang der Autobahn A1 gebaut. Die Neubaustrecke beginnt nördlich von Haffkrug und endet in der Gemeinde Altenkrempe im Bereich der Niederung Kremper Au. Ebenfalls nördlich von Haffkrug wird die Neubaustrecke über einen neuen Abzweig mit der vorhandenen eingleisigen Strecke, die über Sierksdorf nach Neustadt i. H. führt, verbunden. Diese bestehende Strecke wird im Zuge des Projekts elektrifiziert.
Neben zahlreichen neuen Eisenbahn- oder Straßenüberführungen werden auf der Bestandsstrecke zwischen Haffkrug und Neustadt i. H. elektrifizierungsbedingt zwei Bahnübergänge und fünf bestehende Brücken technisch angepasst bzw. nachgerüstet.
Die Unterlagen des Abschnitts 2 wurden aufgrund der umfangreichen Änderungen, die sich aus dem Bundestagsbeschluss ergeben haben, komplett zurückgezogen und werden aktuell grundlegend überarbeitet. Im Anschluss werden die Unterlagen nochmal neu beim Eisenbahn-Bundesamt eingereicht und danach öffentlich ausgelegt.
Der Abschnitt wird im Partnerschaftsmodell Schiene realisiert. Dabei wird das DB-Projektteam bereits in der Planungsphase mit allen relevanten Firmen (zum Beispiel Planungsbüros und Bauunternehmen) zusammen gebracht. Die partnerschaftliche Zusammenarbeit soll die terminliche Situation optimieren und für mehr Leistungs- und Innovationsfähigkeit sowie ein effizientes Bauen sorgen.